（一）辦公廳（口岸規(guī)劃辦公室）
協(xié)助署領(lǐng)導(dǎo)研究擬定海關(guān)工作的方針政策和發(fā)展規(guī)劃，組織政策研究；負責綜合情況、審定文稿、溝通信息、組織會議、新聞宣傳、辦公自動化、督查督辦和文書檔案管理；研究提出各類對外開放口岸的整體規(guī)劃及口岸規(guī)范的具體措施并組織實施，組織協(xié)調(diào)口岸通關(guān)中各有關(guān)部門的工作關(guān)系。
（二）政策法規(guī)司
研究擬定海關(guān)法律、法規(guī)及實施辦法；研究擬定各類進出口管制政策的海關(guān)監(jiān)管規(guī)章和進出口商品分類目錄并組織實施；指導(dǎo)、審理行政復(fù)議，指導(dǎo)行政應(yīng)訴工作；受理知識產(chǎn)權(quán)海關(guān)保護備案申請，組織實施知識產(chǎn)權(quán)海關(guān)保護。
（三）關(guān)稅征管司
研究提出關(guān)稅和進口環(huán)節(jié)稅征收管理規(guī)章制度；管理進出口貨物完稅價格審定；組織實施國家關(guān)稅和進口環(huán)節(jié)稅減免；研究提出對特定地區(qū)、特殊貿(mào)易方式以及特殊商品的關(guān)稅征管規(guī)定并組織實施；組織實施反傾銷、反補貼措施；研究提出加工貿(mào)易、保稅倉庫、保稅工廠海關(guān)監(jiān)督制度并組織實施；研究提出保稅區(qū)監(jiān)督制度并組織實施。
（四）通關(guān)管理司
研究提出海關(guān)通關(guān)作業(yè)及進出口貨物通關(guān)管理的規(guī)章制度并組織實施；管理通關(guān)數(shù)據(jù)，監(jiān)督通關(guān)作業(yè)運行；組織實施信息化管理；研究提出海關(guān)風險管理制度并組織實施。
（五）監(jiān)管司
研究提出進出境運輸工具監(jiān)管的規(guī)章制度并組織實施；研究提出進出境貨物及其相關(guān)港口、場站、倉庫等場所的查驗規(guī)范和監(jiān)控制度并組織實施；組織實施企業(yè)和人員的海關(guān)注冊、登記及備案管理；研究提出進出境行郵物品、國家禁止或管制物品的監(jiān)管規(guī)定井組織實施。
（六）綜合統(tǒng)計司
編制管理國家進出口貿(mào)易統(tǒng)計，開展進出口貿(mào)易統(tǒng)計分析，發(fā)布進出口貿(mào)易統(tǒng)計數(shù)據(jù)；編制管理海關(guān)業(yè)務(wù)統(tǒng)計，開展海關(guān)業(yè)務(wù)統(tǒng)計分析；組織協(xié)調(diào)和研究提出進出口商品原產(chǎn)地規(guī)則。
（七）調(diào)查局（全國打擊走私綜合治理辦公室）
研究提出打擊走私工作方針、政策及海關(guān)稽查、查緝走私違法行為的規(guī)章制度；統(tǒng)一負責打擊走私工作，組織查處走私案件，組織管理打擊走私違法行為的情報工作；審理提出走私、違規(guī)大要案的處理意見，組織大要案、跨關(guān)區(qū)案件的調(diào)查及毒品查緝；組織聯(lián)合緝私行動，開展國際反走私合作；組織實施專項稽查和常規(guī)稽查。
（八）走私犯罪偵查局
（九）國際合作司
負責海關(guān)系統(tǒng)的外事工作，開展與外國（地區(qū)）海關(guān)、國際海關(guān)組織及有關(guān)國際機構(gòu)的交流與合作，管理國際海關(guān)多（雙）邊合作的有關(guān)事宜。
（十）人事教育司
研究提出海關(guān)人事教育的規(guī)章制度；管理海關(guān)機構(gòu)設(shè)置、人員編制和工資福利，按規(guī)定權(quán)限管理海關(guān)干部；管理海關(guān)干部在職教育培訓(xùn)、海關(guān)直屬院校和總署機關(guān)人事工作；負責對外開放口岸審理工作。
（十一）財務(wù)科技司
管理海關(guān)行政經(jīng)費；管理海關(guān)稅費的收繳入庫；組織管理海關(guān)財務(wù)會計、基本建設(shè)和國有資產(chǎn)；研究提出海關(guān)科技發(fā)展規(guī)劃并組織實施；組織辦理海關(guān)科技進步獎勵工作；管理海關(guān)科技裝備、儀器和制服等。
（十二）機關(guān)黨委（思想政治工作辦公室）
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